En el Advance Map, prepara el script de gatillo (la "S amarilla" de recuadro verde) y asígnale una variable y un valor. Si por ejemplo le asignas la variable 76DA y el valor 3, el script no se iniciará hasta que el valor de la variable sea 3. Lo único que tendrás que hacer después es usar el comando setvar en el script que te proporciona a tu primer Pokémon (setvar 0x[variable] 0x[valor]).

Para más información, tienes unos excelentes manuales en el subforo correspondiente, te invito a que los leas y pongas en práctica esto y otros contenidos que podrías complementar con los manuales.