Hace 4 días hice exactamente lo que estás pidiendo.
Al script de gatillo le asignas una variable en donde poner Var number(te recomiendo de la 40FF para abajo), debajo donde pone Var Value pones 0001 y luego al script de tu primer pokémon le añades al final antes del release
setvar 0x(la variable que le hayas puesto al pokemon)
y si con esto no te funciona pon el script y una captura del advance map