Creo que no te he entendido del todo, explícate mejor y podremos resolver tu duda con mayor eficacia.

No se si es lo que tú dices, pero si tratas de cambiar el orden de los Pokémon en la Pokédex en un momento específico de la partida, andas bien, porque no creo que se pueda hacer (a excepción de que alguien sepa hacerlo con ASM)

Lo suyo es poner los modificados en lugares "comunes" de la Pokédex, y luego poner esos 3 como iniciales. Puedes asignar como iniciales a 3 Pokémon cualesquiera, independientemente del número de la Pokédex que tenga.