Hay unos espacios (25 creo) vacíos entre los pokes de la segunda generación y los de la tercera. Ahora mismo la verdad es que no me acuerdo muy bien de todo eso, pero creo que ahí se podían insertar más pokémon (en esos espacios vacíos). En cuyo caso no afectaría a la pokédex. El único fallo que veo es que si ves a ese pokémon y no al original no saldría registrado en la pokédex. Pero bueno, un daño colateral.

No sé, es lo único que se me ocurre.