Jajajaj todo esto es muy sencillo:
Para que te salgan pokemon salvajes, vete al editor de bloques ese, pulsa sobre la hierba normal de toda la vida, y fijate en la derecha de la ventana del editor de bloques.
Te saldra en el centro el tileset que cargas o guardas para insertar tiles, y a su derecha dos barras, una arriba y otra abajo con numeros.
Pues quedate con esos numeros, copialos a boli en un papel, y ahora vete a la hierba que acabas de insertar, debes copiar los numeros tal cual (esque de memoria no me los se, asique no puedo decirte).
En lo del arbol, haz lo mismo, en el editor de bloques vete al tile que quieres poner que se vea por encima, y en los numeros que hay a la derecha, ponlos todos en 0.
Para lo de la hierba, que te atraviese, en la editor de bloques nuevamente, vete al tile de la hierba y en la barra de abajo, pulsa y dale al numero 00 (antes, busca en esa barra el numero 10, si pone "Block is covered by hero" dale al 0, si no lo pone, deja eso como estaba y pon el 0 en la barra de arriba, esque ahora no me auerdo bien.
Aunque alomejor esto no hace falta si copiaste tal cual los numeros de lahierba original a la tuya)