Pues con una variable o una flag.
Si el valor de la variable es 0 pones que pase una cosa, si es 1 pones que pase otra.
por ejemplo, para el caso que tu has dicho:

#dynamic 0x800000

#org @inicio
lock
compare 0x40FF 0x1 (Chequea si la variable 40FF tiene el valor 0x1)
if 0x1 goto @inicio2 (Si lo tiene, va a Inicio2)
applymovement 0xFF
waitmovement 0xFF
msgbox @frase 0x6
givepokemon 0xelqueseaXD 0x0 0x0
setvar 40FF 0x1 (le damos a la variable 40FF el valor 1, para que al volver a pisarlo, el comando del principio, nos mande a la parte 2 y no pase nada)
release
end

#org @inicio2
release
end

#org @frase
toma tu pikachu/eevee

#org @mov
hacia cualtalpascual
..
.
.


Espero que te hayas enterado, y si no dime por perfil, que no suelo revisar dos veces el mismo tema XD
Un saludo!


Edito: Acabo de ver que redmort tambien ha contestado mientras contestaba yo, cualquiera de los dos metodos son válidos. De hecho el de Redmort es mejor porque ocupa menos espacio, pero yo lo que queria era que lo entendieses XD