Yo aún no entiendo qué problema hay con poner 2 headers para el mismo mapa =/


/-------------\
Header 1 (byte de un modo) --\ | Eventos |
|--| Tilesets |
Header 2 (byte cambiado) ----/ | Block data |
\-------------/


Lo grande que sea el mapa no importa, porque la única información que duplicas es el header.