bro lo que pasa es lo siguiente:

Ciudad 1 y Ruta 1 tienen los mismos tilesets correcto, pero la ciudad 2 no.
Al cambiar los de la ruta para que sean como los de ciudad 2 se ve fea la conexion a ciudad 1 cierto... facil lo que tienes que hacer es que en el rango de vision de la pantalla del Game boy y/o emulador. solo se vean tiles del Tileset 0 usado en todos los mapas.

EJEMPLO: si estas en el mapa de ruta 1 y vas pasando con el protagonista hacia el mapa de ciudad 2, como todavia estas en RUTA 1, si por casualidad desde ahi se ven tiles del mapa CIUDAD 2 que pertenecen al tileset 9, estos cambiaran y se vera feo. Procura que entre mapas y mapas solo se vean tiles del tileset 0

espero se entienda :D jaja