A mi me parece más bien que se te a jodido el tileset de ese mapa.
¿El 2º mapa que dices no haber tocado tiene el mismo tileset secundario que el 1º?

Si es así, está claro, es el tileset secundario que se a cascao.
¿Solución?

Tirar de una copia en la que aún no tengas ese tileset jodido, y si guardaste los bloques y el mapa, solo tienes que volver a insertarlos, es fácil y rápido.

Pero si no guardaste el mapa ni los bloques, jodidamente lo único que puedes hacer es crear de nuevo el mapa y los bloques. Hace poco ya te conté que me pasó lo mismo, me dio perezon hacerlo de nuevo, pero no hay otra (que yo sepa)