Es fallo tuyo en el Advance Map.
Como veo, ya sabes insertar y montar tiles, asique eso me lo ahorro.
Vale, supongo que en tus mapas, usarás mucho esa casa, entonces, no son los mismos tiles si le vas a poner un arbol detras, o si quieres que sea hierba.
Entonces, debes hacer 2 veces ese tile en el editor de bloques.
En los dos, en la seccion "arriba" a la hora de montar el tile, debes ponerle los tiles de la esquina de la casa.
Ahora bien, en uno de ellos, donde pone "abajo", ponerle el fondo habitual de tu rom.
En el otro, en la misma seccion ("abajo") le pones ese tile que ves que sale mal en tu imagen.
Asi, a la hora de mapear, tienes el mismo tile con fondo distinto.
Espero que sea eso, saludos! :P