Hay dos tutoriales de esto en Pokecommunity te dice como editar los ????? por objetos en el juego y como hacer para que funciones el efecto de las piedras evolutivas.

Yo probé ambos y si funcionan en R/S no solo en Fr/Lg/E, solo por la parte de las imágenes de los objetos no dice R/S pero si funciona.

Aquí esta el link para editar objetos.
http://www.pokecommunity.com/showthread.php?t=208565

Aquí esta para hacer que funcionen las piedras evolutivas nuevas.
http://www.pokecommunity.com/showthread.php?t=296729

Los tutoriales están en Ingles pero son fáciles solo necesitan un poco de paciencia.
Suerte.