Las puedes editar usando el Advanced Map

seleccionas "Editor de bloques > Palletes > Show Pallete Editor"
te sale un cuadro con los colores de cada paleta, al seleccionar cada color te da la opción de editarlos o también puedes usar "Select Color" y pasas el cursor sobre una imagen que tenga el color que deseas y seleccionas Enter y le das Apply, ya que termines de editarlo vas a "Editor de bloques > Palletes > Writte Palletes Changes to Rom" para guardar cambios.

También puedes usar un editor de paletas de colores como el APE y agregar los colores que desees.

Es cuestión que lo intentes y veas por ti mismo como funciona.
Suerte.