Bem amigo, se eu não me engano no NSE não tem como editar a animação da água, mas com o "AnimEdit" você conssegue facilmente.

Se ajudar, a animação da água fica no tileset 0 e as paletas 4 e 6 !

Só mais uma coisa, você precisa de frames para criar a animação, procure no google por : autotiles pokemon. eu encontrei muitos.

Espero ter te ajudado ! :D