Si cambiaste las paletas de colores necesitas seleccionar "Write palette changes to ROM" para guardar.

Si los tiles cambiados son del bloque 2, quizás te aparece así cuando cambias de un mapa a otro con diferentes bloques, por ejemplo en el pueblo tienes tiles 2 como segundo bloque y en la ruta tienes tiles 3 en el bloque 2, entonces te sale ese error, tendrías que poner ambos con el mismo tipo de tiles en el segundo bloque o no poner tiles del segundo bloque entre la conexion de ambos mapas.

Si los tiles tienen animaciones necesitas cambiar la animación con algún editor como el Tiled2002 para que los colores e imágenes encajen, o simplemente ponerlo en otro espacio dentro de la plantilla de tiles, osea la que dice "TilesX.dib" cuando editas.

Si no es nada de eso, honestamente no se que más podría ser.
Espero que te sirva la info y puedas resolverlo.
Suerte.