No lo he probado, pero supongo que podrías usar la opción de "Nace de" en el YAPE, NidoranM evoluciona a Nidorino, si pones a NidoranF la opción de "Nace de" Nidorino, quizás al poner a Nidorino con un ditto te salga un huevo de NdoranM o de NidoranF, y lo mismo para Nidorina y NidoranF.

Sería que lo probaras a ver si funciona, la verdad no lo he intentado, solo supongo que podría funcionar.

La otra opción que dices, podrías hacer un solo Nidoran que evolucione a Nodorina o Nidorino de la misma manera que wurmple, dependiendo del tipo de personalidad que tenga o diferentes condiciones, como por ejemplo por lvl se convierte en Nidorino y por trade a Nidorina, o por felicidad, de día Nidorino, de noche Nidorina, eso ya sería tu decisión, pero lo único sería que tendría la misma imagen y paleta de colores, así ya no sería nidoran Morado o Rosa, sino de un solo color.

Espero que te sirva algo de esto.
Suerte.