Sayer está en lo cierto, el mapa se carga antes de mostrarse, así que no hay ningún problema. Pero sobre las conexiones, es importante que sepas que eso sucede porque en un mapa tienes un tileset secundario distinto al que tienes en el otro (ya lo sabes). Pero eso se puede arreglar o bien poniendo el mismo tileset secundario (quizás entre las rutas o algo así tengas la opción de hacer el cambio sin provocar fallos) o separando los tiles a una distancia que no se vean al cambiar de mapa, de esa manera se cargan bien y no se producen errores. Lo digo porque a lo mejor eso del warp queda raro, dependiendo de cómo lo hagas, claro, pero quizás te venga mejor hacerlo por conexiones.