Es un fallo que ocurre en algunos PCs.
Spiky está intentando arreglarlo, por lo que seguramente cuando salga la nueva versión del SDSME ya se habrá solucionado.
Puedes seguir el desarrollo del programa aquí: http://www.pokecommunity.com/showthread.php?t=288625

Mientras tanto, prueba a instalarlo en un PC con Windows XP (Si lo tienes, claro)