Yo se lo que pasa e.e, me sucedió hace tiempo en mi cartucho original de Fire Red, así que paso a explicarte.

Seguramente estés hackeando la versión 1.1 del juego, que da problemas de compatibilidad; por otra parte, los eventos de los BadEGG ocurren cuando la batería que permite que en el cartucho se pueda grabar la partida ha sufrido algún error, lo que repercute en el archivo guardado dando lugar a los BadEGG's o Huevos Malos. Al estar usando cartuchos, lo que seguramente ha ocurrido es que la parte de código que lee el archivo guardado se haya corrompido y por lo tanto da el mismo error que en un cartucho.

Si lo que he dicho es lo que te está, puedes hacer una prueba. Ten en tu equipo un Huevo Malo, y otro en el PC, y seguramente tus pokes se vayan transformando poco a poco en Huevos Malos, a mi me pasó eso xD (lo peor es que era un cartucho, no una ROM xD)

La única solución que veo es que descargues una ROM limpia y empezar de cero ahí. Puedes bajarte los ROM's de ESTE post

Saludos, MEGA-BLAxTOISE