La primera: No te pueden quitar todos los pokes y luego devolverlos, ya que "cada pokemon es diferente"
Lo que puedes hacer es:
Usar un clearflag, que hace ése comando? Desactivar una flag.
Usalo así:

clearflag 0x828

Qué hacemos con eso? desactivar el menú pokemon, luego lo activar con un setflag.

Lo otro... Ni idea...