Buenaas, casualmente, yo estuve con esos dos temas, y aquí te digo mis conclusiones.
1) Por lo que yo intenté, y ahora sé, quitarlos de tu inventario se podría, pero no que los guarden..
Podrías quitarle la opción "Pokémon" que te sale al darle a Start, pero sería una tontería, porque seguirían estando ahí.
Y si se relaciona con tu segunda duda, quitandole la opción de que te salgan, no haría falta retirarlos de tu equipo.

2) La solución que a mi se me ocurre sería calcar el primer mapa (donde sí pueden aparecer), y ponerle en ese nuevo que no haya pokémon salvajes.

Conclusión: Si estas dos dudas sirven para un mismo script, estaría bien que expusieses tu idea al completo para que podamos aconsejarte y ayudarte mejor.