Hasta que llego yo a aclarar todo este marrón.

NO, no se puede hacer que suceda nada "especial" durante la batalla. Para eso se debe modificar el battle system, el cual hoy día es prácticamente intocable.

Pero se puede hacer que con un item quede evolucionado a Mega-Loquesea y cuando lo vuelves a usar pues vuelve a ser el Pokémon de siempre. Además, se puede hacer lo siguiente (Te lo explicaré en pseudocódigo)

Inicio
Comprobar si es Blastoise
Si es así
Subir ataque 20 puntos
Subir defensa 20 puntos
Subir velocidad 20 puntos
Cambiar Sprite a Mega-Blastoise
etc...
Si no
Comprobar si es Mega-Blastoise
Si es así
Bajar ataque 20 puntos
Bajar defensa 20 puntos
Bajar velocidad 20 puntos
Cambiar Sprite a Blastoise
etc...
Si no
Mensaje("No puedes usar esta piedra con este Pokémon")
Fin

Pasarlo al XSE no debería ser difícil, lo que pasa es que tiene un par de líneas con WBTO (Para modificar el ataque y la defensa y tal) y un par de callasm (Para hacer los cambios de sprite)

Saludos!