Eso pasaba en El Islas Doradas, y lo arreglé... Nuestro problema era que saturamos el tileset secundario y lo que te aparece a tí nos aparecía a nosotros de otra forma. ¿Problema? Era un trocito de tile de una casa que se repetía muchas veces, lo borré y lo puse en otro lugar del tileset. Obviando que tuve que borrar cosas del tileset innecesarias.
Puede ser eso, o que hayas puesto algún tile en la zona "que usabas como transparencia"

¡saludos!