Primero entras al Editor de Bloque (el rompecabezas violeta) y seleccionas el bloque que queres editar, y probablemente cuando lo seleccionas aparece esto:
Esto hace que el bloque de la derecha este sobre el de la izquierda. El bloque de la izquierda siempre es el fondo y el de la derecha algo que va sobre el fondo y tambien los minis.
lo que tienes que hacer es lo siguiente:
Al pasar el tile al fondo, el mini pasara sobre el tile y no por debajo.
Si necesitas alguna otra duda o no te resulta, no dudes en preguntar de nuevo!