Lo que has hecho es cambiar el sprite pero no las paletas, para ello le das a Palette View(dentro del emulador), justo cuando estas en esa imagen, luego le das a Save OBJ. y la guardas en formato .act
Abres el APE y buscas esa paleta, y en el hueco de abajo pones la nueva. Le das a guardas y tacháaaaan, sustituida.

Por cierto muevo el tema a dudas.