Yo tengo algo de experiencia con esto, pues trabajo en linux.
Primero de todo, wine: siempre que te falte algún componente, cópialo a la carpeta del exe.
- AM funciona en wine. También hay una versión de Blue Spider para Mac OSX.
- XSE no funciona en wine. Como alternativa tienes ASC nativo para Mac OSX o PKSV en wine.
- Unlz.GBA funciona en wine. NLZ-GBA advance funciona en mono.
- Overworld editor funciona en wine.
- Thingy32 funciona en wine.
Si no, siempre puedes correr una máquina virtual de windows con virtualbox o usar eso del parallels.