Básicamente se trata de usar una versión para la línea de comandos de VBA llamada VBA-H para conseguir un registro de todas las instrucciones que ejecuta el procesador emulado de la GBA justo durante el momento del reinicio, para ver qué está pasando.
Arreglar este tipo de cosas no es algo para dummies, desgraciadamente :S
Normalmente, el modo más fácil de arreglar las cosas es restaurar una copia de seguridad del ROM (deberías hacer una antes de cada cambio importante), y en caso de que no tengas ninguna trasladarlo todo a un ROM nuevo (haciendo copias durante el proceso, esta vez).