Te recomiendo hacerlo a mano, será mucho mejor, tengo experiencia insertando tiles, y prácticamente nada se me resiste.

También podrías abrir la imagen con el "Character Maker Pro" en el cual podrás ver los colores repetidos (Suele pasar al crear tiles) y podras borrarlos, después ya podrás insertarlo :P

si sigue con mas paletas de lo habitual lo mejor será hacerlo a mano, y tocar un poco los colores para que apenas se note el cambio, pero ademas quede bien, si sigue sin poder hacer nada pues lo mejor será dejar ese tile y insertar otro.