No hay que complicarse la vida, lo que hago en mi hack es que una sola paleta sirva para varios minis.
Por ejemplo, inserte un mini en el cual predomina el color azul, entoces lo que hago es que con character maker pro (CMP) cojo ese mini, claro despues de exportarlo, lo abro con CMP y copio otro mini ensima de ese que tenga los colores similares y de esa manera con una sola paleta la e utilizado para muchos minis.

PD: es importante que en cada paleta alla colores predominantes, por ejemplo la paleta 1 color amarillo, paleta 2 azul, y haci suscesivamente.