mmm pues no recuerdo cómo se hacia exactamente.
Lo que si recuerdo es que, allá por mi época de noob, tenía una herramienta llamada poketronic (o algo asi) que te hacia algunos scripts automáticamente, como por ejemplo un combate contra un poke salvaje. Recuerdo que podías asignarle al combate la musica que tu quisieses del rom.

Pero creo que lei que esa herramienta (sino recuerdo mal, está en la web para descargar) producía muchos bugs, asi que no es aconsejable que la uses.

Pero lo que si puedes hacer, es hacer una copia de tu rom, usar la herramienta para hacer un script de pokemon salvaje con la musica que quieras, y luego abrir el script en XSE para ver cómo se hace. Luego tan solo elimina la copia en la que usaste la herramienta.

Cabe decir que ésto solo lo probé hace mucho tiempo, y solo en ruby.
Pero si funcionaba en ruby puede que en fr tambn, no lo sé.