Por curiosidad, armaste un puzzle con el fondo con Sphere?
El NTME tiene una funcion para abrir archivos de sphere muy buena y así ahorrarte horas y horas de montar el RAW.

Ves que pones mucha insistencia en como has hecho cada cosa, eso está muy bien, pero la verdad es que hay algunas cosas que pienso que te complicas demasiado y que no me terminan de quedar claro. Como el lio que has montado para las paletas, veo mas importante primero ordenar la portada y que esté bien colocada, y luego mas tarde ya se arreglan las paletas.

Prueba a crear un tilemap del fondo y a insertar eso en lugar de tu portada, y procura reducirla al menos numero de tiles posible.