Primero que nada, debes entender como funciona un parche:

Parche: Un parche se crea a partir de comparar una Rom sin Modificar, con una Rom modificiada. El parche guarda solo los datos que fueron modificados y donde se encuentran. Al aplicarlo sobre una Rom Limpia, nos modifica esos datos quedandonos una rom igual a la modificada a partir de la cual se creo el parche.

Al usar muchos parches distintos, y con cambios que probablemente repuntean, seguramente los datos se están sobreescribiendo unos con otros...

Puedes hacer dos cosas:

1. Chequear que parche es compatible con cual y descartar los que no son compatibles.

2. Editar el Parche, fijarte en que dirección sobre escribe y repuntear la data (Necesitas conocimientos Medios-Avanzados en Hexadecimal)