Si te refieres a editar que abilidad tendrá el pokemon, pues con YAPE

Es tan fácil como abrir YAPE,
cargar el rom a editar, selecionar
el pokemon que quieres editar
y a tu derecha estan las dos
abilidades que puede tener el
pokemon.

Si te refieres a editar la habilidad en sí
nunca he escuchado de eso, aunque
quien sabe, porque con ASM todo se puede
XD.

Saludos.