En mi hack estoy haciendo algo parecido, y me parece que te entiendo mal porque yo no uso ningun script de nivel.
Según lo entendido, te hago un esquema xD
En las wildbattles, para saber contra qué pokemon luchas, lo único que se me ocurre es crear una ruta, donde no haya pokémon salvajes.
En la hierba, ponerle scripts de gatillo con el comando random, y el wildbattle con los pokémon que puedan aparecer.
Dentro del script, puedes asignarle una variable a cada pokémon que pueda aparecer. (Por ejemplo, haces que aparezcan 5 pokémon: Charmander, Bulbasaur, Squirtle, Pikachu y Rattata, y con sus respectivas variables 40FF, 40FE, 40FD, 40FC y 40FB)
Ahora, cada vez que el random te lleve a por ejemplo Squirtle, que le añada un valor. (quedaria addvar 0x40FD 0x1)
Así, al final del script puedes saber cuantos te has encontrado.
Sólo quedaría saber la cantidad capturada, y ahora mismo no se me ocurre nada.
Con el script de "takepokemon" pude hacer algo parecido, pero ya no recuerdo bien.

Si quieres acabar el script con X numero de encuentros, basta con ponerle otra variable, esta vez a todos y que le sume 1, tal cual el ejemplo de squirtle, de forma que al llegar a 10 se active.
No necesitarías script de nivel, simplemente en el script de la misma wildbattle hacerlo.
No se como se hace lo de ver en que valor esta la variable porque nunca lo he necesitado, si no, siempre puedes hacerlo por flags.

En fin, si no te sirve, espero que si al siguiente en comentar y sepa decir cómo contar los capturados, pero es cuestion de darle vueltas ^^