Antes que nada quiero que sepas que emular juegos de GBA en NDS, aunque es posible, no me agrada demasiado, puesto que hay algunos problemas de establidad. En su lugar te recomiendo que uses los emuladores de PC o para dispositivos Android (o iOS si tienes hecho el Jailbreak a tu terminal.

De todos modos si nos dieses un poco más de detalle del problema se podría intentar ayudar (unas imágenes también ayudan mucho)