Iniciado por Ash_Milotic
Eso pensé que se sabía (...) Hay que comprar una EZ flash para emular juegos de GBA en NDS Lite (googlear) O si no hay varios programas en internet donde uno los descarga y los instala en la memoria micro sd card y ésta última en la R4. Aunque decir todo esto no aporta en nada al problema, porque sí se puede jugar Shiny Gold original usando cualquiera de estas opciones, pero no el que edité (...)

No hay un solo modo de correr juegos de GBA en NDS, hay varios. Puedes usar un flashcart para el slot de GBA, usar el emulador de la supercard DS TWO, o un emulador de GBA para DS normal, por ejemplo. Y no, no es lo mismo.
Al cargar los juegos a través del slot de GBA estás usando el modo GBA de la DS, que tiene compatibilidad perfecta (ya que la DS tiene una GBA dentro, en el fondo). Eso no es emulación.
Usando un emulador cómo el de la SC DSTWO, la cosa cambia.

Partimos del punto que estás usando una DS en modo GBA que a la práctica es lo mismo que una GBA. Hay varias cosas que pueden fallar.
Primero, puede que hayas corrompido el ROM completamente. En tal caso tampoco funcionaría en un emulador; no se si es el caso.
Segundo, puede que hayas modificado partes del cabezal que no hay que tocar. Los requerimientos del cabezal están listados aquí:
GBATEK - GBA/NDS Technical Info