La respuesta corta es SÍ. Pero no es algo sencillo por así decirlo. De todos modos la ROM que usas, si quieres hackear de forma más cómoda, usa la de Pokémon Fire Red - USA, que aunque está en inglés, tiene más herramientas.

Lo de las animaciones te paso >>ÉSTE<< link para que comprendas un poco como va todo. Primero creas la animación, y luego la tienes que insertar en el ROM, sabiendo en qué offset está insertada para luego asignar la animación a su movimiento correspondiente... O si no siempre puedes hacer como WeasleyFG en su Light Platinum y cambiar algún ataque sin cambiar la animación.

La mejor herramienta (a mi parecer) para editar los ataques en si es una que viene dentro de la suite Pokémon Game Editor, que postee aquí hace cosa de un mes o así. Cuando acabe unas cosas que estoy haciendo ahora haré un tutorial de cómo usar esta potente herramienta.