Vale, creo que sé qué puede ser.
Lo digo por probar.
Como ves, en el lado derecho, están los tiles que vas a insertar en tu mapa.
Fijándonos en él, arriba a la izquierda está la parte izquierda del cuerpo del árbol.
Bien, pues ese cuadrado de 16x16 creo que ha de estar vacío, sin ningún tile.
Prueba moviendo ese cuadrado con el paint de 16x16 a otro lado del tileset.
Vuelve a insertar el tileset, y cuenta qué ocurre ahora