Te respondo de nuevo xDD!
Cada tileset, dispone de ciertas paletas, las 7 primeras (del 0 al 6) para el tileset principal; y las 6 restantes (7 al 12) son para el tileset secundario.
Puedes mezclarlos como se te de la gana, pero ten en cuenta que cada tileset tiene su lamina de bloques, y si por ejemplo pones tiles del 1er tileset con la paleta 1, y tiles del 2do tileset, con la paleta 12. Se vera bien en ese mapa, pero en otro que utilice el tileset principal y otro secundario, es seguro que no se vera bien.
Así que es preferible hacer el tileset principal independiente del secundario, pero no al revés, ya que el secundario depende del 1ero. En muy pocos casos va sin ese mismo tileset principal, así que es poco probable que te de problemas...