A ver, a ver. Tu problema es que no has leído bien las cosas (o eso es lo que entiendo de lo que has puesto xD)

Ese parche no introduce los 649 Pokémon en tu ROM de Fire Red. Habilita los huecos para ello. Si no se puede abrir con herramientas es porque el autor del parche (Jambo51) habrá movido de sitio las tablas de datos de los Pokémon para poder habilitar los 263 espacios que faltan hasta los 649. Por lo tanto deberías de modificar los archivos que traen dichas herramientas donde se indican las direcciones de memoria para buscar datos y que coincidan con las que se modifican con el parche.

De todos modos, tal y como ha dicho [MENTION=27515]Giudecca[/MENTION] , el mismo autor ha afirmado que es un parche muy inestable, con muchos fallos y a causa de eso lo dejó de lado (de hecho la última actualización es de hace un poco más de un año).