Me da en la puntita de la Nariz que no los cambias en conjunto si no por separado y ambos comparten paleta, tanto en colores, como en el orden de ellos!
Por lo que yo te recomendaria, coger el sprite de charmander, el original y editar sus colores en CMP, así no alteras el orden y seguramente se vea bien.

Lo importante del asunto es que si la imagen frontal como la trasera, usan el color 7 para el ojo, en la paleta, el color 7 sea el color del ojo, tanto para una como para otra, vamos como si compartiesen paleta.