Usando la herramienta OneBoy, remueves la pregunta de genero, y queda solo chico, solo cambia los sprites y minis y ya esta.

Por ahi vi tambien un parche que removia la pregunta de genero.

EDIT: Aqui el parche: http://wahackforo.com/t-25530/parche-skip-gender-choice-fire-red
Es para fire red, imagino que esa base usas.