Las "W", mejor conocidas como Warps, son los "pisos" o "espacios" que el juego usa como puertas, cuando entras en una te llevan otro lugar, ya sea una casa, una cueva, etc.
Si tu pregunta es en base a Pokemon Crystal supongo que usas Crystal Map como editor de mapas. Yo te lo voy a explicar como si usaramos JohtoMap, ya que casi usan la misma interfas.
Para entender un Warp es bien sencillo, localizate en NewBark Town y selecciona el Warp afuera de tu casa. En sus datos veras que dice:
Selected: 1
Dest...: 0
Dest Bank: 24
Dest Map: 6
Esto quiere decir que ese Warp el juego lo toma como Numero 1, cuando lo pisas te manda al Warp 0 del Mapa 24-6.
Ahora busca ahi mismo en los mapas de NewBark, el que corresponde a la planta baja de tu casa y veras que todo corresponde. El Warp izquierdo es el No. 0, del mapa 24-6.
Si revisas la informacion de este nuevo Warp, veras que te lleva al Warp No.1 del mapa 24-4 (afuera de tu casa). Todo es relativo.
Por cierto, recomiendo mucho que cambies de Rom, Crystal es un juego dificil de Hackear ya que hay pocas herramientas que funcionan en él. Te recomiendo uses GOLD como base.