Para el pokemon acompañante hay una rutina en pokeco, pero es tan coñazo el asunto que no merece ni la pena.

Respecto a los OW y el sprite,

Al ser el prota, no vas a tener problemas, separa cada frame en imagenes de 16x32 y ordenalos todos con la misma paleta.

Bien ahora abre el NSE, vete al mini del prota y le das a "Archivo>Importar" seleccionas la frame correspondiente, le das a "ALL" y guardas, ahora lo mismo con la segunda frame, solo que al tener ya la paleta metida solo necesias seleccionar "imagen".

Para el sprite, abre el NSE2, vete a la lista de trainers y al que deseas sustituir, ahi dale a "File>import>import sprite data" selecciona tu imagen y le das a "File>Insert>insert sprite data" le das a todo que si, luego le das a Save y a todo que si.
Ya tienes el sprite, para modificar la paleta puedes hacerlo desde la herramienta, pero te recomiendo usar APE, que no repuntea.

Saludos!