Por lo general, tienen un ícono de cartucho morado, que sería éste:
Aquí te dejo el enlace con todas las roms de Pokémon GBA - Gameboy - DS
Por lo general aparece un archivo .Rar, lo abres y mueves la Rom a una carpeta cualquiera. Abres el VBA/DesMuMe y en Archivo... Seleccionas la Rom recién descargada.
Por cierto, VBAM es el emulador de GBA y reconoce Gameboy y GBC. Desmume es de DS.
Espero que eso haya sido y te haya servido xD