Se me ocurren varias soluciones:
1) ¿Te has fijado si es el mismo archivo el que estás abriendo? Yo muchas veces con el tema de copias de seguridad me he liado y me ha pasado.

2) ¿Has guardado el mapa? También me ha pasado que lo he cambiado y se me olvido darle a guardar antes de probar.

3) Esto es algo dificil de explicar:
Hay veces que ciertos tilesets están linkeados o algo así, y comparten ciertos bloques.
De modo que la pregunta es: El mapa al que estás introduciendo el cambio de tile usa un tileset nuevo que acabas de insertar?

4) Algunos tilesets no te dan todo el espacio que aparece para meterle tiles. ¿Los tiles que no se cambian estan al final de algun tileset?

Creo que es todo lo que se me ocurre con respecto a experiencias pasadas, responde e intentare verlo mas a fondo :)

EDITO: Al decir si, si y si a Sayer, quieres decir que usas partida guardada?