Eso es facil, a mi nunca me dio problemas:

1. Primero exporta todas las paletas de la vieja base, importalas a la nueva (de manera correcta y en orden) y escribirlo al ROM

2. Ahora exporta los tilesets primarios y secundarios de la base vieja, luego importalos a la nueva.

3. Por ultimo exporta los bloques de los tilesets primarios y secundarios, importalos a la nueva, guarda y listo, si usas ese orden no deberia pasar nada raro.

Por ultimo ¿Estas usando un Rom limpio o una Rombase?