Pero... ¿el problema es de los nombres sólo o de los nombres y los mapas? A ver en cualquier caso, pueden haber sido varias cosas:
1: Después de hacer una copia de seguridad del mapa (exportándolo a archivo, para luego insertarlo de vuelta si pasa algo, o para lo que la quisieras) al insertarlo, siempre se cambia el nombre. La solución aquí.
2: Puedes haber repunteado mal el nombre y por eso se repite. Repuntea el nombre del mapa en un offset libre y solucionado.
3: Imagino que si el mapa se te duplico es que:
-Al insertar el mapa lo insertaste (manualmente o automáticamente) en medio de dos offsets donde ya hay algo escrito y por eso esté duplicado...
-O lo copiaste manualmente con las teclas Ctrl+C, cambiaste de mapa y los pegaste encima de otros con el click izquierdo y con eso seleccionado y le diste a guardar (en un ataque de nervios).
La solución a esta última mas fácil sería sacar las cosas útiles del rom, e insertarlas UNA VEZ y BIEN en un nuevo rom. O simplemente, empieza de 0.
También puedes pasar del problema y seguir hackeando y ya está, puede que no sea un problema muy relevante.