Eso es que usas tilesets distintos.
A la hora de enlazar mapas, debes procurar que los tiles principales (suelo, vegetación, montaña, agua, decoración...) sean iguales tanto en un mapa como en otro.
Esto es, por ejemplo, yo uso la Paleta 0 para los tiles de la vegetación.
Entonces, en todos los mapas enlazados, la Paleta 0 contendrá los mismos colores, tanto para ruta como para ciudad.
Otro fallo puede ser que tengas en la ruta tilesets distintos asignados (en el cabezal de AM puedes elegir los 2 tilesets que usas, y en mapas enlazados, debes tener el nº 1 en común como mínimo)

En resumen: Estoy seguro de que es cuestión de la paleta. Para solucionarlo debes irte a la ruta 1 en el Advance Map.
Mira cuál es la paleta de los árboles, la guardas y te vas a Ciudad Verde.
Una vez allí miras el mismo nº de paleta que le tienes asignados a los árboles en la ruta, y la editas para que te queden igual los colores que en la Ruta 1.
Guarda el progreso y pruebalo.

Espero haberme explicado bien ^^