Eso es muy fácil, mira:

Lo primero leerte este tutorial de [MENTION=17082]Sonicarvalho[/MENTION]: GBA | Scripting | Hacer el efecto Gris para un FlashBack

Ahora, tienes que crear un mapa de la zona que quieras.

Una vez creada la zona, pon los minis que vayas a usar, menos 1.
Después, solo tienes que hacer un warp en el script que te lleve a esa zona y usar un script de nivel.

¿Por qué te he dicho lo de los minis menos 1?
Pues bien sencillo, hay dos opciones (una fácil y otra más compleja).

-La fácil, pues si en la escena sale tu prota, simplemente tienes que hacer que el script te lleve a donde estaría el prota y el mini que falta en la escena es el del prota, porque con el warp saldrías tu.
-La compleja, si no quieres que salga tu prota, pues haría falta hacer un cambio de mini, te dejo un tutorial de [MENTION=12785]Jotta[/MENTION]: FR | Scripting | WBTO//Cambiar el mini


Una vez que acabes la escena, quitas lo del tono de color y usas un warp para volver.