Bien, en ese caso tienes que indexar la imágen que vas a introducir a 16 colores. Una vez hayas hecho esto, con PokéPic tienes que remplazar, a parte de la imágen del Pokémon, la paleta. Supongo que no sabes cuál es el archivo de la paleta, así que te indico algo:

Cada Pokémon tiene 6 archivos: el back♂, el back♀, el front♂, el front♀, la paleta normal y la paleta shiny. Cuando tú pasas los archivos de uno en uno en el PokéPic, verás que, en un momento dado, el Pokémon se vuelve shiny. Entonces, podrás deducir que ese archivo, en el que el Pokémon se vuelve shiny, es la paleta shiny, y el archivo anterior, es el de la paleta normal.


Una vez aclarado esto, te digo que tienes que reemplazar el archivo de la paleta normal por el mismo *.png que usaste para reemplazar el sprite. Si quieres reemplazar la paleta shiny, es más complicado (pues la tabla de colores (paleta) tiene que coincidir con los colores de un Pokémon-no shiny).

Espero no haberte liado, si todavía no lo tienes claro, pregúntame por perfil.